מחלקת הנוער בבנימין שמה לעצמה כמטרה להעצים ולהוביל את הנוער בבנימין, לייצר תחושת שייכות ולהביא למעורבות של הנוער ביישוב ובמועצה.

מחלקת נוער במתנ"ס אמונה על כל תחום הנוער ביישובים ובמועצה – מכיתה ז' ועד י"ב, 12-18, ומונה כיום 8 מלווים המתפרשים על פני 48 יישובים.
תחת המחלקה עובדים כיום למעלה מ-140 רכזים ביישובים השונים שכוללים חלקים נרחבים מהאוכלוסייה בישראל: דתיים, חילונים וחרדים.

מתוך כך, מחלקת הנוער עוסקת במרחבים הבלתי פורמליים הסובבים את בני הנוער: פעילות הנוער בישוב, רכזי הנוער, ועדות הנוער, תנועת הנוער, הורי הנוער ועוד. זאת באמצעות ליווי פרטני מקצועי, הכשרות לעובדי ופעילי נוער והפקת פעילויות ואירועים -בשגרה, בחופשים ובחירום.

במסגרת ליווי רכזי הנוער, המחלקה מהווה עבור הרכזים כתובת לכל צורך ונותנת להם כלים להתמודדות בסוגיות רבות הקשורות לנוער כגון: הנעת בני הנוער, התנדבויות ועשיית חסד, כלים לבניית תכניות עבודה, פעילויות בחדר הנוער, יצירת קבוצה, התמודדות עם משבר וחירום, התנהגויות סיכון וחובת דיווח, בניית תכניות מניעה, עידוד יוזמות מתוך יצירתיות וחדשנות.

מלבד עובדי הנוער ביישובים, מחלקת הנוער מכשירה, מלווה וממקצעת גם את כלל השותפים ביישובים ובמועצה בתחום הנוער: רכזות קהילה, ועדות נוער ושומרי סף – משפחות מאמצות וסיירות הורים – כל הבא במגע עם נוער בנימין.